醫院潔凈手術室雖然密封性很好，裝飾材料及醫療設備不產塵，但出于節能的考慮，現在許多醫院在手術室停用時凈化空調系統也停止運行。這樣會造成手術室停用時被室外空氣污染，也會將室外空氣中的菌塵粒子帶進手術室內。所以潔凈手術室的清掃滅菌工作很重要。如果有值班機組，潔凈手術室處于微正壓狀態，可最大限度地避免這種污染。但手術過程中會產生大量污染，術后的清掃滅菌也是必不可少的。故應按下列程序及方法進行清掃滅菌。
1、潔凈手術室內要適時地進行清潔消毒，一般每日早晨用質量分數0.5％的含氯消毒液擦拭物品表面及地面。潔凈手術部必須采用濕式方法清潔、打掃。清潔工作須在凈化空調系統運行中進行。手術室無影燈、手術床、器械車、壁柜表面及地面應在每天手術前、后用清水、消毒液各擦拭一次。每周徹底清潔一次手術室無影燈上的玻璃蓋片應每月擦洗一次。
2、潔凈手術室術前、術后均需清掃，以術后清掃為主手術完成后，在凈化空調機組正常運行的狀態下，繼續排風約15min，排出室內污濁空氣，然后進行清理及清潔工作。
3、準備專用的潔凈室清掃材料和工具，清潔打掃應從高級別的區域向低級別的區域依序進行。所有設備、桌子、工具和器械柜等外表面，均采用濕的潔凈室專用抹布擦干凈。帶玻璃的壁板和門表面，用液體清洗劑清洗，然后用抹布擦掉余下的水。清潔工具應采用不掉纖維的織物材料制作。墻和頂棚用中性清洗劑溶液擦洗，然后沖洗，最后用海綿吸掉余水。
4、潔凈室每個班次交班后應清潔粘墊，一次性粘墊應每日更換。
5、為防止交叉污染，各個潔凈室應使用其專用清掃工具。清掃工具也要每日清潔消毒并于專室存放。
6、在兩臺手術之間，除徹底清掃上一臺手術過程的全部污物外，還應對手術床及周圍的各種設備、裝置采取消毒液擦拭或噴灑等措施。
7、每次手術后污物應立即就地分類打包，各種污物均必須放入專用防水防穿破污物袋內，密封后經專用通道運出手術室，經污物走廊運至污物間做專門處理。手術室清掃滅菌工作結束后，待所有人員離開，再關閉循環凈化機組。
8、地面先用浸過清潔劑的拖把拖洗，再用潔凈濕拖把拖擦，然后用海綿拖把或能吸水的真空吸塵器吸掉余水（也可采用濕式電氣清掃機），如遇較嚴重的污漬可使用專用清潔劑處理。
9、可采用殘留物含量低的中性液體洗滌劑配制清掃洗滌水。
10、清掃結束后應繼續運行凈化空調系統，直至達到規定的潔凈度（此段運行時間一般不應少于該手術室的自凈時間）方可進行下一臺手術。
11、如果做了有污染的手術，要用消毒劑擦拭物品和地面，還必須用甲醛液做全室消毒。