藥廠凈化車間和其他工業凈化車間的不同之處在于不僅依靠空氣過濾的方法，使送入室內的空氣中的生物或非生物的微粒數量受到嚴格控制；同時還要對室內器具、地面、壁板等表面進行消毒滅菌處理。為此，生物凈化車間除了滿足一般凈化車間要求外，其內部材料還要能經受得起各種滅菌劑的侵蝕。通過亞高效或高效過濾器過濾的空氣可視為無菌空氣。但過濾僅是一種除菌手段，并沒有殺菌作用，由于室內有人員、物料等污染源存在，凈化車間內只要有微生物所需要的營養源存在的地方，就有可能存在微生物的生存、繁殖。因此，生物潔凈室設計決不可忽視消毒滅菌措施繁殖
一、無菌制劑操作室的清掃滅菌
無菌室、室內設備、器具和雜物、傳遞室或傳遞窗及更衣室的清洗最好采用水洗。對典型部位的清掃和滅菌方法如下所示。
1、整個房間：用石碳酸或甲醛水噴霧消毒，如果每天連續使用同一種消毒液，細菌就會產生抗藥性，因此要跟換消毒液的種類。
2、地板：使用軟管、濕式電氣清掃機進行水洗。
3、壁面：水洗或水擦拭
4、頂棚：水洗或水擦拭
5、設備、器具和雜物：水洗和擦拭后、滅菌或消毒。但有可能直接接觸藥劑的器具，不能粘附消毒液，一旦粘附，立即將消毒液擦拭干凈
6、原料和搬入室內的器材等必須在傳遞室或傳遞窗中用殺菌燈照射和消毒。
二、非無菌制劑操作室的清掃消毒
非無菌制劑凈化車間的清掃消毒，一般采用普通的清掃消毒方法。