藥廠凈化車間空調凈化措施包括制冷措施，熱、濕處理措施和送風措施。
（1）凈化空調的制冷措施。
制冷措施根據供冷要求（耗冷量、供冷方式、冷凍水溫等）、工程建設地區的水源情況（水溫、水質、水量等）以及電源、熱源籌備情況進行技術經濟比較，綜合分析各種因素，加以確定。既要求有較好的經濟指標，又要考慮當地的可行性。其中制冷裝置的選用是制冷措施確定過程中的中心環節。
（2）凈化空調的熱、濕處理措施。
為將一定的送風狀態參數的空氣送入空調房間，需對空氣進行熱濕處理，如夏季需冷卻減濕，冬季需加熱、加濕處理等。
（3）凈化空調的送風措施。
一般的空調按送風方式分類有集中式、半集中式和分散式。
1）集中式凈化空調系統是由空氣初、中效過濾器與熱濕處理設備（風機、冷卻器、加熱器、加濕器）組成空調箱（空調機）置于空調機房，并用管道與空調室進風口的靜壓箱及箱內的高效過濾器連接組成的系統。此種系統的冷源可以由冷凍站或在空調機房安裝制冷機提供。熱源由鍋爐房或熱交換站，或在空調機內設電加熱器提供。
現在大型的空調器是專業化工廠分段制作，到現場組裝的。
2）半集中式空調系統，除使用集中的空調機房的空氣處理設備來處理空氣外，還使用分散在被調節房間的空氣處理設備來對室內空氣進行就地處理，或對來自集中處理設備的空氣進行補充處理，如風機盤管系統、局部層流等。
3）分散式空調系統又稱局部空調系統，是指將空氣處理設備分散在各個被調節的房間內的系統。空調房間使用各自的空調機組，空調機組把空氣處理設備、風機以及冷熱源都集中在一個箱體內，接上電源，即可對房間進行空調。該系統不使用單獨的空調房和送風管，結構緊湊，節省空間。
制藥工業生產規模一般比較大，潔凈廠房面積也較大，較多選用集中空調。其基本流程下圖所示。循環回風有利于達到潔凈要求，又節省能源，所以設計成回風式的集中空調系統，并有一次回風和二次回風的形式。
100級潔凈能耗較大，為節約能源，如果工藝允許，通常設法縮小100級范圍，可設計成1萬級背景下局部100級。如無菌粉針劑、凍干劑、大輸液的灌裝、無菌原料藥的精、烘、包等生產常用1萬級背景下局部100級層流保護的凈化空調系統。
產生大量粉塵、有毒害粉塵，有毒害的氣、汽和大量濕、熱氣體的潔凈室，一般采用集中送風、局部排風或全排風系統，當然排放的氣體要處理到符合排放標準的要求。