在藥廠潔凈室設計中，管道設計是非常重要的環節，藥廠潔凈室內的管路布置是根據生產工藝的要求而定的。用來輸送物料的管路，屬于藥廠工藝設計部分，由工藝人員進行設計蒸汽、水、空調、冷凍等管路，屬非工藝部分，由公用工程的設計人員進行設計。有時也將車間內的管線劃分成不同設計區，如把車間內全部公用工程管線劃歸工藝設計人員進行設計，有時把車間內公用工程總管劃歸公用工程設計人員進行設計，公用工程的支管劃歸工藝設計人員設計等。
藥廠潔凈室管道設計是在車間布置設計完成后進行的，一般已經具備下列基礎資料:
（1）施工階段帶控制點的工藝流程圖；
（2）設備一覽表
（3）設備平面布置圖或安裝圖
（4）定型設備樣本或安裝圖，非定型設備設計簡圖和安裝圖
（5）物料衡算和能量衡算資料
（6）水、蒸汽、壓縮空氣等總管路的走向、壓力等情況
（7）建（構）筑物的平面布置圖和立面布置圖；
（8）與管道設計有關的其他資料，如藥廠廠址所在地區的地質水文資料等。
藥廠潔凈室管道設計的內容包括:
（1）根據物料的性質和操作條件選擇管子材料。
（2）根據工藝要求，計算管徑和管壁厚
（3）根據施工階段帶控制點的工藝流程圖以及車間設備布置圖對管道進行合理布置，繪制配管圖圖中應注明如下內容:1）管子材料和規格以及標高和坡度，標高以地面為基準面或以樓板為基準面；2）介質名稱和流向；3）管件、閥門型號、規格、安裝位置；4）根據管子數量、種類、規格和排列方法確定地溝截面的尺寸和地溝長度。
（4）提供的資料。包括:1）將各種斷面的地溝截面尺寸和長度提供給土建；2）將潔凈室上水、下水、冷凍鹽水、壓縮空氣和蒸汽等管道管徑及操作條件（如溫度壓力等）提供給公用工程設計人員；3）各種介質管道（括管子、管件、閥件等）的材料、規格和數量；4）管架等材料制作與安裝費用；5）管道投資概算。
（5）編寫施工說明書。內容包括施工中應該注意的問題、各種介質的管子及附件的材料、各種管道的坡度、保溫刷漆等要求及安裝時采用的不同種類的管件管架的要求等。
在管道布置設計時，首先要統一協調工藝和非工藝管道的布置，然后按工藝流程并結合設備布置、土建情況等布置管道。在滿足工藝、安裝檢修、安全、整齊、美觀等要求的前提下，使投資最省、經費支出最小。
布置管路時，應對潔凈室所有的管路，包括生產系統管路、輔助生產系統管路，電纜、照明管路，采暖通風管路等做出全盤規劃。
應了解建（構）筑物、設備結構和材料，以便進行管路固定的設計（設置管架）。