一、對于藥廠設計來說，生物制品有菌（毒）操作區與無菌（毒）操作區應有各自獨立的空氣凈化系統。來自病原體操作區的空氣不得循環使用，來自危險度為二類以上病原體的空氣應通過除菌過濾器排放。
二、下列場合，其空氣凈化系統不得回風。
a.產生易燃易爆氣體的生產操作間，如使用溶劑的原料精制、干燥，使用酒精的片劑包衣和濕法制粒、干燥等
b.產生大量濕熱蒸汽的場合，如需要加熱至沸的藥液配制。
c.產生粉塵的生產操作間，如固體制劑物料的粉篩、稱量、混合、制粒、整粒、壓片、膠囊充填、顆粒包裝等均需考慮捕塵處理，如經捕塵處理仍不能避免交叉污染時，其空氣凈化不得利用回風。
d.產生有毒有害物質的生產操作間，如病原體操作區必要時排至室外的廢氣要采取高效過濾器凈化，如青霉素類、激素類、危險度為二類以上病原體操作區等的排氣應經高效過濾器凈化
三、青霉素等高致敏性藥品的精制、干燥和分裝，強毒微生物操作區，芽孢菌制品操作區，產塵量大的操作室，如固體制劑的稱量、粉篩、制粒、壓片、填充膠囊等，應與室外保持微正壓，與鄰室保持相對負壓。
四、生產中的藥渣、煤渣必須隔離堆場，及時外運，不得對廠區環境產生污染。生產、工作中產生的垃圾應放在密閉容器或袋中，垃圾轉運站要遠離生產區，并及時外運，廠區內不準堆存垃圾，最好不設置垃圾轉運站，保持隨時有，隨時外運。
五、工藝設備材質應保證不會與藥物或空氣和水發生化學反應。
六、輸送藥液、純化水、注射用水的管道要有防止微生物滋生和污染的措施，如循環、保溫（冷）等，管道布置要求不積液、不積氣，要考慮消毒或滅菌設施（純蒸汽、臭氧、紫外、巴氏），并采用衛生型閥門。
七、無菌作業區不得設置地漏，其他潔凈室（區）也要盡量少設地漏，如固體制劑車間除清洗區外，潔凈室（區）內最好不設地漏，以免地漏周圍潮濕的空氣吸附粉塵，造成難以克服的污染。