凈化工程藥廠潔凈廠房布局的注意事項如下。在一個廠區內，生產、行政、生活和輔助區應盡量形成獨立小區，按上述污染風頻考慮它們的相對位置，功能上聯系密切的潔凈車間必要時可安排密閉走廊連接，以減少人員由室外進入時和物料運送過程中帶入塵粒和污染。
也可以用地道相連，地道內用驅蟲熒光燈。由地道進車間可防塵防蟲。如果不是集中布置的，也要方便生產和操作。
潔凈車間總體布置是否合理，受工藝布局影響極大。潔凈車間布置切不可先入為主，必須在工藝布局之后才可以定下來。車間布置本身也有各種形式，有大跨度大面積潔凈廠房，也有條形潔凈廠房，例如，原料生產廠的車間往往是條形車間，在總體布局上顯得較整齊。
在高度上有單層廠房，也有多層廠房，至還有幾何形廠房。例如，片劑車間的加料形式直接影響廠房體型，而廠房體型對總體布局影響又很大。
以投資省、建設快、能耗少、工藝路線緊湊來說，建設一個單層大面積廠房最為合適。單層潔凈廠房是指生產部分布置在一個平面上，如生產區設在一層，二層為空調機房，或二層為生產區，一層為公用工程區，這樣的廠房也都屬單層建筑。
多層廠房的優點是占地少，適合于老廠擴建，但要增加垂直運輸的電梯、樓梯以至水平聯系走廊的面積，并常造成流程的分段將增加層面轉運過程中的污染。
廠區要考慮發展余地，在可預見的將來的市政區域規劃時，不會使廠址發生不利于衛生的變化，水、電、燃料、排污等在今后的發展中容易妥善解決。概括地說，就是要節約用地，長遠規劃，分期實施。
總之，潔凈廠區規劃很重要，要在一定程度上給生產管理、產品質量、質量檢驗等帶來方便和保證。