(1)某些設計人員對生物安全的概念不清楚，造成生物安全實驗室內氣流組織不合理，死角過大。生物安全實驗室要求氣流必須從清潔區流向污染區，室內送風口和排風口的位置應使氣流停滯的空間降到最小，并且室內排風口應設置在最危險區域，單側布置，不得有障礙。有的工程送風口對著生物安全柜吹，送風氣流和生物安全柜工作窗口的保護氣流互相干擾，加重了致病因子的泄露。
(2)密閉性能差，包括實驗室圍護結構的密封性和空調通風管道的密封性。圍護結構的密封性差主要是在門窗部位，也有些隔墻的連接處密封性差；空調通風管道的制作過程不符合要求，密封材料不合格。這些都違背了高度生物安全實驗室要求密封性好的基本原則。
(3)排風系統的過濾器安裝位置不合理，把高效過濾器安裝在排風機的正壓端，不能滿足污染的排風段必須負壓的要求。
(4)排風系統不加高效過濾器，而是采用高空排放，這也是不允許的。有些設計或施工單位對高速排放的理解也有問題，他們認為高速排放就是排風管中的風速要超過13米/秒，結果排風阻力大，達不到要求的排風量，室內很難保持要求的負壓。或者排風機壓頭加大，噪音和電耗也同時加大。有些工程已經由于排風噪聲超標與周圍居民引起矛盾。
(5)高效過濾器的更換和檢漏問題，特別是排風高效過濾器。排風高效過濾器更換前必須首先消毒滅菌，設計和安裝時必須考慮消毒問題，同時便于更換。為了確保環境安全，排風高效過濾器也應考慮檢漏的可能性，或采取其他確保不泄露的措施。我國很多P3實驗室沒有做到這一點。
(6)室內安裝分體空調或立柜式空調器，這在生物類潔凈室中是不允許的，因為空調器中的換熱器事實上是一個微生物孳生裝置，嚴重污染實驗室環境。有些施工單位雖然不把分體空調或立柜式空調器安裝在實驗室內，而是安裝在鄰近房間，用風管進行送風。但由于高級別生物安全實驗室必須采用直流風，而普通空調的換熱器是按室內循環風設計，達不到直流風要求的大焓差，再加上為了降低造價，設備容量沒有富裕，根本達不到要求的室內溫度。在高級別生物安全實驗室做實驗需要穿特制的防護服，有時需要穿多層，如果溫度達不到要求，實驗人員的感受會可想而知。
除此以外，還有更令人啼笑皆非的例子，如把三級生物安全實驗室建成正壓實驗室，不按規定安裝防火閥，選用凈化工作臺來代替生物安全柜，用安全柜的排風代替房間排風等，這些都是嚴重的錯誤。普通凈化工作臺與生物安全柜工作原理和用途完全不同，根本無法保護人體免受微生物感染，是十分危險的。