在食品工廠設計裝修中，食品工廠潔凈室的一般清掃必須在生產工藝操作結束后進行，若有必要在生產前清掃，則工藝生產必須在凈化空調系統開機運行時間達到自凈要求后方可開始運行。為了防止交叉污染，清掃食品工廠潔凈廠房設施的工具均應按產品特點、工序要求、空氣潔凈度等級的不同分別專用。
食品工廠潔凈室的清潔工具一般采用集中固定式或便攜式移動式真空清潔設備，保證定期清潔時顆粒物的污染能被清除，也能有效及時地清除一些不適合食品工廠潔凈室工作的污染。設置集中式固定式真空清洗系統時，應在潔凈室外安裝排氣扇；不使用時，潔凈室內的連接插座應緊閉，以免危及食品工廠潔凈室內的壓差或氣流。設置便攜式真空吸塵器時，應設置排氣過濾器，其過濾效率應至少與潔凈環境相同；使用時應注意對潔凈室內氣流的影響。
如果食品工廠潔凈室沒有上述清潔條件，也可以用絲光毛巾、尼龍布等纖維材料擦拭，通常一天一次或多次。高級潔凈室用過濾水擦拭，有特殊要求的地方也可用符合要求的有機溶劑擦拭。當不需要擦拭室內清潔產品的生產過程時，應使用真空清洗設備進行清洗。
一般小面積食品工廠潔凈室采用移動式吸塵器，大面積或高層潔凈室采用集中式或真空吸塵系統。安裝集中或真空清洗系統的要求如下。
1、集塵裝置應布置在負荷中心附近，并考慮隔聲、隔振措施。
2、食品工廠潔凈室內吸塵口的位置及數量，須根據軟管的作用半徑(一般為6-12米)而厘定，以便潔凈室得以清潔。
3、真空泵吸入端設除塵器，可采用袋式除塵器。
4、除塵系統的管道材料應采用耐磨、氣密性，并具有一定的強度，如無縫鋼管或硬塑料管。管彎頭的曲率半徑是管直徑的4～6倍，三通的角度一般為30°，最大值不大于45°。水平管道應有一定的坡度，斜率至立管或除塵器。
為了防止顆粒在潔凈室中沉積，必須在工作前或工作后對潔凈室進行清潔。食品工廠潔凈室清潔空調系統應每年清潔1~2次，并應委托專門的清潔人員進行，使用清洗劑的清洗程序應事先商定。