在食品工廠設計裝修來中，可根據食品工廠潔凈廠房的規模和工廠的組織機構設置情況，確定設置食品工廠潔凈室專職管理人員或管理機構，負責進行食品工廠潔凈室及相關設施的管理。食品工廠潔凈室管理人員宜少而精，并在食品工廠潔凈室投入運行前就必須確定和制定出潔凈室的各項管理制度。潔凈室專職管理人員應該熟悉潔凈室內設備和相關設施、潔凈室構造、保持空氣潔凈度等級的技術措施、潔凈室檢測技術、確保產品質量的相關潔凈技術措施等；善于管理維護潔凈室及相關設施（含安全報警設施等），具有處理安全事故的能力；必須具有生產環境潔凈技術方面的廣泛知識，豐富的管理資歷、經驗和認真負責的工作精神等。潔凈室專職管理人員的主要職責和要求如下。
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一、產品質量管理
1、應熟知食品工廠潔凈室內生產的產品的用途、生產工藝特點；
2、為確保產品質量與企業技術負責人共同確定對潔凈廠房內各生產工序或房間的空氣潔凈度等級、受控生產環境的各項要求，如溫度、相對濕度、壓差和產品生產所需水電氣的供應品質等；
3、食品工廠潔凈室內產品生產所需原輔材料和排出的廢水、廢氣以及固體廢棄物的數量、性能特點等。
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二、潔凈室管理
1、熟知本企業食品工廠潔凈室的構造、凈化空調系統的技術性能和保持空氣潔凈度等級的技術措施；
2、熟知本企業食品工廠潔凈室產品生產環境所需的水電、氣等供應系統技術性能，以及確保水、電、氣等品質的技術措施；
3、熱知并掌握食品工廠潔凈廠房所需各項檢測方法，并確定檢測評價要求和時間；
4、熟知食品工廠潔凈室清掃、清洗和消毒方法，確定清掃、清洗和消毒時間和檢查驗收標準；
5、熟知食品工廠潔凈室的安全報警系統、裝置和技術措施，確定定期安全檢查的要求和時間；
6、決定潔凈室及其相關技術設施的運行或停止，并定期檢查運行日志及有關記錄；
7、當潔凈室發生故障或出現安全隱患時，決定采取有效處理措施，并發布相關命令直至停止運行。