工藝流程表示由原料到成品過程中物料和能量發生的變化及其流向。工藝流程設計是車間工藝設計的核心，表現在它是車間設計最重要、最基礎的設計步驟。因為車間建設的目的在于生產產品，而產品質量的優劣、經濟效益的高低，取決于工藝流程的可靠性、合理性及先進性。而且車間工藝設計的其他項目，如工藝設備設計、車間布置設計和管路布置設計等，均受工藝流程約束，必須滿足工藝流程的要求而不能違背。
工藝流程設計是工程設計所有設計項目中最先進行的一項設計，但隨著車間布置設計及其他專業設計的進展，還要不斷地做一些修改和完善，結果幾乎是最后完成。在初步設計和施工圖設計中，藝流程設計的任務主要是在初步設計階段完成。施工圖設計階段只是對初步設計中間審查意見進行修改和完善。
由于生產的藥物類別和制劑品種不同，一個制藥廠通常由若干個生產車間所組成。其中每一個生產車間的生產工段及相應的加工工序不同，完成這些產品生產的設施與設備也有差異，即其車間工藝流程亦不同因此，只有以車間為單位進行工藝流程設計，才能構成全廠總生產工藝流程圖。可以說，車間工藝流程設計是藥廠設計的重要組成部分。
制藥工藝流程設計一般包括以下幾個內容。
①方案設計。其任務是確定生產方法及生產流程，這是全部工藝設計的基礎。在通過技術經濟評價確定生產方案之后，要經過一定量的化工計算，車間布置設計等工作設計出生產流程。目前，一般是先憑設計者的經驗或借鑒有關設計，擬定流程方案，再進行一定計算，最后確定流程。
②物料熱量衡算。主要包括物料衡算、熱量衡算以及設備計算、設備選型等。在上述計算基礎上，繪制物料流程圖、主要設備總圖和必要部件圖，以及帶控制點工藝流程圖等
③車間布置設計。主要任務是確定整個工藝流程中的全部設備在平面和空間中的具體位置，相應地確定廠房或框架的結構形式。車間布置也為土建、采暖、通風、電氣、自控、給排水、外管等專業的設計提供依據。
④管路設計。確定裝置的全部管線、閥件、管件以及各種管架的位置，以滿足工藝生產的要求
⑤提供設計條件。工藝專業設計人員，在各項工藝設計的基礎上，必須向其他各類專業人員提供設計條件，以滿足全廠綜合性指標的要求。
初步設計階段與施工設計階段完成之后，都要編制設計文件，它是設計成果的匯總，是工廠施工、生產的依據。內容主要包括設計說明書、附圖《流程圖、布置圖、設備圖、配管圖等）和附表（設備一覽表、材料匯總表等）。
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