食品工廠的排出水按性質可以分為生產污水、生產廢水、生活污水、生活廢水和雨水等，一般情況下，食品工廠的排水系統宜采取污水與雨水分流排放系統，即采用兩個排水系統分別排放污水與雨水。根據污水處理工藝的選擇，有時還要將污水按污染程度再進行細分，清濁分流，分別排至污水處理站，分質進行污水處理。排水量的計算也采用分別計算、最后累加的方法進行。
工廠衛生是食品工廠的頭等要事，而排水設施和排水效果的好壞又直接關系到工廠衛生面貌的優劣，工藝設計人員對此應有足夠的注意。
1、生產車間的室內排水（包括樓層）宜采用無蓋板的明溝，或采用帶水封的地漏，明溝要有一定的寬度（200～300mm）、深度（150～400mm）和坡度（＞1％），車間地坪的排水坡度宜為1.5％～2.0％。
2、在進入明溝排水管道之前，應設置格柵，以截留固形物，防止管道堵塞，垂直排水管的口徑應比計算選大1～2號，以保持排水暢通。
3、生產車間的對外排水口應加設防鼠裝置，宜采用水封窨井，而不用存水彎，以防堵塞。
4、生產車間內的衛生消毒池、地坑及電梯坑等，均需考慮排水裝置。
5、車間的對外排水盡可能考慮清濁分流，其中對含油脂或固體殘渣較多的廢水（如肉類和水產加工車間），需在車間外，經沉淀池撇油和去渣后，再接入廠區下水管。
6、室外排水也應采用清濁分流制，以減少污水處理量
7、食品工廠的廠區污水排放不得采用明溝，而必須采用埋地暗管，若不能自流排除廠外，得采用排水泵站進行排放。
8、廠區下水管也不宜用滲水材料砌筑，一般采用混凝土管，其管頂埋設深度一般不宜小于0.7m。由于食品工廠廢水中含有固體殘渣較多，為防止淤塞，設計管道流速應大于0.8m/s，最小管徑不宜小于150mm，同時每隔一段距離應設置窨井，以便定期排除固體沉淀污物。排水工程的設計內容包括排水管網、污水處理和利用兩部分。
排水管網匯集了各車間排出的生產污水、冷卻廢水、衛生間污水和生活區排出的生活污水。借重力自流經預制混凝土管引流至廠外城市下水道總管或直接排入河流。雨水也為排水組分中的重要部分之一，統一由廠區道路邊明溝集中后，排至廠外總下水道或附近河流。
部分冷卻廢水可回收循環使用，采用有蓋明渠或管道自流至熱水池循環使用。
食品工廠用水量大，排出的工業廢水量也大許多廢水含固體懸浮物，BOD和COD含量很高，將廢水（廢糟）排入江河會污染水體。現在國家已頒布了《中華人民共和國環境保護法》和《基本建設項目環境保護管理辦法》以及相應的環境標準。對于新建工廠必須貫徹把三廢治理和綜合利用工程與項目同時設計、同時施工、同時投入使用的“三同時”方針廢水處理在新建（擴建）食品工廠的設計中占有相當重要的地位。一定要在發展生產的同時保護環境，為子孫后代造福。目前處理廢水的方法有:沉淀法、活性污泥法、生物轉盤法、生物接觸氧化法以及氧化塘法等。不論采用何種處理方法，排出的工業廢水都必須達到國家排放標準。