制藥廠的工藝流程設(shè)計是一項非常復(fù)雜而細致的工作，除極少數(shù)非常簡單又比較成熟的工藝流程外，都要經(jīng)過由淺入深、由定性到定量、反復(fù)推敲和不斷完善的過程。一般地，工藝流程設(shè)計可按以下基本程序進行。
一、工藝路線的選擇
當一種產(chǎn)品存在若干種不同的工藝路線時，應(yīng)從工業(yè)化實施的可行性、可靠性和先進性的角度，對各工藝路線進行全面細致的分析和研究，并確定一條最優(yōu)的工藝路線，作為工藝流程設(shè)計的依據(jù)。
在選擇工藝路線時，應(yīng)特別注意工藝路線中所涉及的關(guān)鍵設(shè)備和特殊工藝條件或參數(shù)。一些工藝路線常常因為解決不了工業(yè)化時的關(guān)鍵設(shè)備或難以滿足所需的操作條件或參數(shù)，而不能實現(xiàn)工業(yè)化。
二、確定工藝流程的組成和順序
根據(jù)選定的工藝路線，確定工藝流程的組成，包括全部單元反應(yīng)和單元操作，并明確各單元反應(yīng)和單元操作的主要設(shè)備、操作條件和基本操作參數(shù)（如溫度、壓力、濃度等）。在此基礎(chǔ)上，確定各設(shè)備之間的連接順序以及載能介質(zhì)的技術(shù)規(guī)格和流向。
三、繪制工藝流程框圖
當工藝路線及工藝流程的組成和順序確定之后，可用方框、圓框、文字和箭頭等形式定性表示出由原料變成產(chǎn)品的路線和順序，繪制出工藝流程框圖。
四、繪制工藝流程示意圖
在工藝流程框圖的基礎(chǔ)上，分析各過程的主要工藝設(shè)備，在此基礎(chǔ)上，以圖例、箭頭和必要的文字說明定性表示出由原料變成產(chǎn)品的路線和順序，繪制出工藝流程示意圖。
五、繪制物料流程圖
當工藝流程示意圖確定之后，即可進行物料衡算和能量衡算。在此基礎(chǔ)上，可繪制出物料流程圖。此時，設(shè)計已由定性轉(zhuǎn)入定量。
六、繪制初步設(shè)計階段帶控制點的工藝流程圖
當物料流程圖確定之后，即可進行設(shè)備、管道的工藝計算以及儀表自控設(shè)計。在此基礎(chǔ)上，可繪制出初步設(shè)計階段帶控制點的工藝流程圖，并列出設(shè)備一覽表。
七、繪制施工階段帶控制點的工藝流程圖
初步設(shè)計階段的工藝流程設(shè)計經(jīng)審查批準后，按照初步設(shè)計的審查意見，對工藝流程圖中所選用的設(shè)備、管道、閥門、儀表等作必要的修改、完善和進一步的說明。在此基礎(chǔ)上，可繪制出施工階段帶控制點的工藝流程圖。
當然，上述設(shè)計程序不是一成不變的。根據(jù)工程項目的難易程度和設(shè)計人員的技術(shù)水平，工藝流程的設(shè)計程序會有所不同。例如，對一些難度不大、技術(shù)又非常成熟的小型工程項目，經(jīng)驗豐富的設(shè)計人員甚至可以直接設(shè)計出施工階段帶控制點的工藝流程圖。