藥廠廢渣是在制藥過程中產生的固體、半固體或漿狀廢物，是制藥工業的主要污染源之一。在藥廠制藥過程中，廢渣的來源很多。如活性炭脫色精制工序產生的廢活性炭，鐵粉還原工序產生的鐵泥，錳粉氧化工序產生的錳泥，廢水處理產生的污泥以及蒸餾殘渣、失活催化劑、過期的藥品、不合格的中間體和產品等一般地，藥廠廢渣的數量比廢水、廢氣的少，污染也沒有廢水、廢氣的嚴重，但廢渣的組成復雜，且大多含有高濃度的有機污染物，有些還是劇毒、易燃、易爆的物質。因此，必須對藥廠廢渣進行適當的處理，以免造成環境污染。
防治廢渣污染應遵循“減量化、資源化和無害化”的“三化”原則。首先，要采取各種措施，最大限度地從“源頭”上減少廢渣的產生量和排放量。其次，對必須排出的廢渣，要從綜合利用上下工夫，盡可能從廢渣中回收有價值的資源和能量。最后，對無法綜合利用或經綜合利用后的廢渣進行無害化處理，以減輕或消除廢渣的污染危害。
經綜合利用后的殘渣或無法進行綜合利用的廢渣，應采用適當的方法進行無害化處理。由于廢渣的組成復雜，性質各異，故廢渣的治理還沒有像廢氣和廢水的治理那樣形成系統。目前，對廢渣的處理方法主要有化學法、焚燒法、熱解法和填埋法等。
1.化學法
化學法是利用廢渣中所含污染物的化學性質，通過化學反應將其轉化為穩定、安全的物質，是一種常用的無害化處理技術。
2.焚燒法
焚燒法是使被處理的廢渣與過量的空氣在焚燒爐內進行氧化燃燒反應，從而使廢渣中所含的污染物在高溫下氧化分解而破壞，是一種高溫處理和深度氧化的綜合工藝。焚燒法不僅可以大大減少廢渣的體積，消除其中的許多有害物質，而且可以回收一定的熱量，是一種可同時實現減量化、無害化和資源化的處理技術。因此，對于一些暫時無回收價值的可燃性廢渣，特別是當用其他方法不能解決或處理不徹底時，焚燒法常是一個有效的方法。
3.熱解法
熱解法是在無氧或缺氧的高溫條件下，使廢渣中的大分子有機物裂解為可燃的小分子燃料氣體、油和固態碳等。熱解法與焚燒法是兩個完全不同的處理過程。焚燒過程放熱，其熱量可以回收利用；而熱解過程則是吸熱的。焚燒的產物主要是水和二氧化碳，無利用價值；而熱解的產物主要為可燃的小分子化合物，如氣態的氫、甲烷，液態的甲醇、丙酮、乙酸、乙醛等有機物以及焦油和溶劑油等，固態的焦炭或炭黑，這些產品可以回收利用。
4.填埋法
填埋法是將一時無法利用、又無特殊危害的廢渣埋入土中，利用微生物的長期分解作用而使其中的有害物質降解。一般情況下，廢渣首先要經過減量化和資源化處理，然后才對剩余的無利用價值的殘渣進行填埋處理。與其他處理方法相比，此法的成本較低，且簡便易行，但常有潛在的危險性。例如，廢渣的滲濾液可能會導致填埋場地附近的地表水和地下水的嚴重污染；某些含有機物的廢渣分解時要產生甲烷、氨氣和硫化氫等氣體，造成場地惡臭，嚴重破壞周圍的環境衛生，而且甲烷的積累還可能引起火災或爆炸。因此，要認真仔細地選擇填埋場地，并采取妥善措施，防止對水源造成污染。
除以上幾種方法外，廢渣的處理方法還有生物法、濕式氧化法等多種方法。生物法是利用微生物的代謝作用將廢渣中的有機污染物轉化為簡單、穩定的化合物，從而達到無害化的目的。濕式氧化法是在高壓和150～300℃的條件下，利用空氣中的氧對廢渣中的有機物進行氧化，以達到無害化的目的，整個過程在有水的條件下進行。