制藥廠用水與其他工業用水相似，包括直流水、工藝水、循環水。直流水通常由城鎮給水管網供給，對潔凈度級別要求不高的工藝水亦可用城鎮給水管網供給的直流水，而鍋爐用水則是將直流水經過離子交換樹脂處理而成的軟水，而藥物制劑以及基因藥物生產過程用水則要求使用純水作為工藝水或原料，循環水多用做生產設備的傳熱介質或其他二次利用場合。也就是說，制藥工業用水不但有量的要求，而且還有質的不同。因此，制藥工業供水系統有自己的獨特性。
1.制藥廠給水系統基本模式
任何一個供水系統都包括原水取用設施、水處理或凈化設施、輸水泵及泵房、輸水管和管網組成。制藥廠潔凈廠房內的給水系統應根據生產、生活和消防等各項用水對水質、水溫、水壓和水量的要求分別設置，且在管道的設計中應留有余量，以適應工藝的變動。制藥工業供水系統，除注射用蒸餾水等純水供應系統外，與其他工業供水系統極為相似，并與化學工業的供水系統相近。根據水資源和用水情況，可分為:從水源取水，經過簡單處理，使用后排入總體管網的直流供水系統；使用過的水經過處理后回用的循環給水系統；以及按照各車間或工廠的水質要求，經過適當處理，順序使用的復用供水系統。
2.制藥廠制藥用水及其供應系統
制藥工業中所用的純凈水必須符合嚴格的法規要求，在制藥工業中使用蒸餾水作為注射用水（WFI），從無菌的角度考慮，這個方法是最安全的，但是，從經濟的角度考慮，這個方法成本過高。WFI在直接用于藥用時，必須消毒并去熱，即水中不能檢測出細菌和病毒內毒素，USP和EP都規定極限值為每毫升0.25個內毒素單位。在美國USP25規定，可以使用高純水（Highly Purified Water，Hpw）代替wFI，自2002年6月起，（Europe Pharmacopeia）認可了高純水HPW，并視為第三水質級別，HPW的生產不使用蒸餾工藝而采用膜處理的方法。在制藥工業還有一種一般工作用水，水質為（Aqua Purificata）純化水AP，用于沖洗樣品容器、攪拌藥膏等。
3.制藥廠消防給水及其供應系統模式
可在制藥廠廠區設立環狀給水管網，并結合各車間條件在廠區內設立一定量的室外消火栓，以提供消防水量保護整個廠區。制藥廠潔凈廠房必須設置消防給水系統，生產層及上下技術夾層，應設室內消火栓，消火栓的用水量不小于10L/s。消防水源通常用市政管網的水源，一般地，火災時10min室內消防用水由廠區屋面水箱提供，10min后消防用水由市政管網水源提供。
4.制藥廠冷卻水的循環使用
在制藥廠中，冷卻用水占了工業用水的主要部分。由于冷卻用水對水質有一定的要求，因此原水一般要經過沉淀、過濾等預處理，然后再經過軟化處理以降低水的硬度。為了節約用水和減少水處理的費用，冷卻水需用量較大時應該設計成循環使用系統。冷卻水循環使用過程:將經過換熱設備的熱水送入冷卻塔或噴水池降溫，熱水在冷卻塔中自上向下噴淋，空氣自下而上與熱水逆流接觸，一部分水分被蒸發而使余下的水冷卻，降溫5～10℃，再用作冷卻水，如此不斷循環。