對于藥廠設(shè)計來說，單層廠房的高度是指地面至屋架（屋面梁）下弦的高度。在一般情況下，單層廠房屋架下弦底面至地面的高度與柱頂距地面的高度基本相等。所以，常以柱頂標(biāo)高來衡量廠房的高度。當(dāng)然，如果藥廠廠房柱子支承的是下沉式屋架，那么，單層廠房的高度就是指屋架下弦底面至地面的高度。柱子長度仍滿足模數(shù)協(xié)調(diào)標(biāo)準(zhǔn)的要求。柱頂標(biāo)高通常是按最大生產(chǎn)設(shè)備在使用、安裝和檢修時所需的凈空間高度來確定的。同時，藥廠廠房高度還必須滿足采光和通風(fēng)的要求。并且，柱頂標(biāo)高應(yīng)符合擴(kuò)大模數(shù)3M數(shù)列的要求。一般廠房柱頂標(biāo)高不小于3.90m。《廠房建筑模數(shù)協(xié)調(diào)標(biāo)準(zhǔn)》中規(guī)定，鋼筋混凝土結(jié)構(gòu)的柱頂標(biāo)高，應(yīng)按3M數(shù)列確定，牛腿標(biāo)高也按3M數(shù)列確定。柱子埋入地下部分也需滿足模數(shù)化要求。
在平行多跨廠房中，由于各跨設(shè)備不同，各跨在確定柱頂標(biāo)高后，可能出現(xiàn)平行不等高跨。這樣，在高低跨度之間需增設(shè)牛腿墻梁、女兒墻、泛水等，使構(gòu)件類型增多，結(jié)構(gòu)和構(gòu)造復(fù)雜，施工麻煩。若兩跨間相差不大時，可將低跨標(biāo)高升至高跨的標(biāo)高。這樣，雖然增加了材料，但使結(jié)構(gòu)、構(gòu)造簡單，施工簡化，還是比較經(jīng)濟(jì)的。規(guī)范規(guī)定:“在工藝有高低要求的多跨廠房中，當(dāng)高差值不大于1.2m時，不宜設(shè)置高度差。在不采暖的多跨廠房中高度一側(cè)僅有一個低跨，且高差不大于1.8m時，也不宜設(shè)置高度差。”所以，剖面設(shè)計中應(yīng)盡可能采用平行等高跨。
確定藥廠廠房高度時，應(yīng)在滿足生產(chǎn)要求的前提下充分利用空間，使柱頂標(biāo)高降低。利用屋架與屋架之間的空間，利用屋頂空間可起到縮短柱子長度的作用。利用地下空間亦可起到縮短柱子長度的作用。
在藥廠設(shè)計中，單層廠房室內(nèi)地面的標(biāo)高，由廠區(qū)總面積設(shè)計確定。為防止雨水浸入室內(nèi)，室外標(biāo)高應(yīng)低于室內(nèi)標(biāo)高。室內(nèi)外高差宜小，一般為100～150mm為便于車間大門通行汽車等運輸工具，應(yīng)在大門設(shè)置坡道，其坡度不宜過大。
對于潔凈廠房而言，不論是多層或單層其室內(nèi)地面的標(biāo)高應(yīng)高出室外地坪0.5～1.5m。如有地下室可充分利用，將冷熱管、動力設(shè)備、冷庫等優(yōu)先布置在地下室內(nèi)。生產(chǎn)車間的層高為2.8～3.5m，技術(shù)夾層凈高1.2～2.2m，庫房層高4.5～6m（因為采用高架庫），一般辦公室、值班室高度為2.6～32m。潔凈廠房的技術(shù)夾層用于送、回風(fēng)管的敷設(shè)和其他管線的暗敷，其結(jié)構(gòu)尺寸應(yīng)滿足風(fēng)道、管線的安裝、檢修和防火要求。