如前所述，在藥廠設計中，為防止制藥廠各不同醫藥品種操作室之間的混藥或交叉污染的各種措施中，壓差控制也是重要的一環。各室之間的壓差取決于操作性質、藥品種類產塵量及車間規模等。下面華盛興邦就談下藥廠設計之制藥車間的壓差控制。
圖1中的（a）方式，操作室A、操作室B的粉塵可以流到走廊，但A室流不到B室、B室也流不到A室。當然這種方式走廊容易被污染，如果操作室的發塵量較少或者是作用不太強烈的醫藥品，則采取這種方式效果較好。目前國內生產一般片劑、膠囊等藥品的藥廠設計普遍采用此種方式。空調凈化系統分別向走廊兩側的各操作室送風回風經靠走廊一側下側墻上帶粗效過濾器的回風窗流入走廊。在走廊端頭或吊頂上設與回風管相接的回風格柵，吸人來自各操作室的回風，送回空調凈化機組。
在藥廠設計中，對于發塵少或作用不太強的醫藥品制造室也可采用圖1（b）所示的方式。其特點是設有前室作為操作室與走廊間的緩沖區。通常還把通道一側的門與操作室一側的門作成機械或電氣聯鎖的方式。操作室A的空氣不能直接流入走廊及其他操作室，走廊的空氣也不能直接流入操作室A。但是操作室的粉塵多少還是會流到前室，這就需要隨時清掃前室和走廊。這種方式與方式（a）相比效果相近，而每個操作室都設前室，占用大量面積，空間利用率偏低。因此，國內不常使用此種方式。
對于操作室內粉塵量較多，或用于作用強烈的醫藥品制造，則宜采用方式（c）和（d）。方式（c）是將操作室和走廊的粉塵吸至前室。操作室的粉塵不能直接流向走廊。這種方式的關鍵是前室的及時清掃。空間利用率與方式（b）相同。方式（d）是把走廊作為潔凈區，操作室的粉塵不能流向走廊。而走廊的空氣只是難免會流入操作室內所以走廊的潔凈度應與操作室，或者要超過操作室的潔凈度。這一類潔凈走廊，如果走廊中行走人員不多，走廊吊頂設置一定數量的高效過濾器送風口，就能達到較高的潔凈度。
方式（e）是在方式（d）基礎上增設前室，進一步防止操作室的粉塵流至走廊。
對于制造或分裝青霉素等強致敏藥物的車間的壓力狀況，藥品生產管理規范（GMP）實施指南作出了如下規定:
在藥廠設計中，“青霉素等強致敏性藥物，某些甾體藥物、高活性、有毒害藥物的精制、干燥室和分裝室既要阻止外部污染空氣的流人，又要防止內部空氣的流出。因此，室內要保持正壓，與相鄰房間或區域之間要保持相對負壓”。