對于藥廠設計來說，在藥廠廠址確定之后，合理考慮廠區的總體布局，妥善處理廠區內潔凈廠房與非潔凈廠房、廠房與其它污染源之間的相對位置，對于保證藥品質量至關重要。下面華盛興邦就談下藥廠設計之廠房怎么布置。
具體地說，潔凈廠房宜位于廠區內環境清潔，人流物流不穿流或少穿流的地段，為了盡量少受外界污染，與交通頻繁的干道間距宜大于50m。同時，潔凈廠房應位于鍋爐房、煙囪、動力區、化工醫藥原料廠房、中藥前處理、提取廠房等產生污染區域的上風向。在進行藥廠設計時，為了便于管理，廠區應按生產公用工程、行政、生活等不同職能進行分區。一般來說，管理部門及研究部門大都和制劑廠布置在一個廠區內，不和化學合成和發酵布置在一起。如果由于條件所限制劑廠和合成藥生產布置在同一廠區，其廠房及通風系統必須分開。另外，公用系統應設在廠區的一角，屬于車間通風等公用設施一般應布置在地下室，若設在地面上，應保證布置整齊，維護良好，噪聲不大。
在藥廠設計時，為了減少廠區內部的污染，廠房周圍的道路應選用整體性好、發塵少的覆面材料。通常，廠內道路可采用瀝青路面，而且道路應寬敞，以利于廠內交通并保證消防需要（如日本的山之內藥廠，其中央大道寬達10m）。凡泥土外露的路面，可采取蓋上草皮，蓋上卵石、煤渣等措施，以防止塵土飛揚，保證廠區空氣清潔。同時，應盡量減少廠區內的露土面積，廠區內宜鋪植草坪，種植對大氣含塵、含菌濃度不產生有害影響的樹木，但應注意不宜種花，以防花粉污染和招惹昆蟲。
在藥廠設計時，為了防止產品間的交叉污染，制造或分裝青霉素等強致敏性藥物、某些甾體藥物、高活性、有毒害藥物的廠房應與其它車間嚴格分開。為了減少原材料在運輸途中的污染，倉庫應盡量接近潔凈車間。