垃圾處理是制藥廠凈化車間必須解決的問題，下面筆者就談下制藥廠凈化車間的垃圾如何處理。選擇合適的垃圾桶和垃圾存放系統前需充分考慮凈化車間內生成的垃圾類型。由于處理前需從制造線和安放處將垃圾桶挪出來，所以選取多個小垃圾桶的方案好于一個大的垃圾桶。敞口垃圾桶常被認為不雅觀也難于管理。有防火要求時不宜選擇敞口垃圾桶。頂部封閉的金屬容器有利于防火，但會造成不利于凈化車間的隱患。如果垃圾中含有可以生成和散發顆粒物的成分，在垃圾箱的蓋子開合過程中，垃圾受空氣擠壓散發顆粒物，蓋子每次打開時就會形成懸浮粒子。頂部漏斗型蓋子可以防火，同時保持垃圾桶內的污染物嚴格受控。
若不使用襯里，應將垃圾桶移出凈化車間后清空。垃圾需傾倒干凈，并在緩沖區或清潔區使用清潔劑清洗垃圾桶后，才能將其放回凈化車間的工作區。
若使用襯里垃圾袋，在拎出垃圾袋之前應先將垃圾桶移出工作區。從垃圾桶中取出垃圾袋之前，應在垃圾物上部位置將袋口扎緊，扎緊時不應擠出袋內空氣。將垃圾袋口密封。從垃圾桶中取出垃圾袋時應避免污染凈化車間環境，取出后應立即運出凈化車間。新垃圾袋塞進垃圾桶前不應讓其鼓脹。將新垃圾袋置于垃圾桶中，袋口包緊垃圾桶邊沿，再用手將袋子打開。最后將垃圾桶放回工作區。
為了避免保潔員清除垃圾時受傷，使用帶剛性內襯的特制垃圾桶盛放破碎或其他具有尖銳邊緣的物體。此外，還要設置可以處理有害物質（如使用后的化學品用具）的特制垃圾桶，保潔員在處理此類危險廢棄物垃圾桶時，必須穿戴合適的勞防用具，例如圍裙、袖、手套，以防止受傷。