1、加強操作系統清潔
在制藥廠車間凈化的運行系統，特別是凈化空調系統，要做好日常保養，保持清潔，還要注意定期消毒空氣。考慮到微生物耐藥性和空氣適當消毒的需要，通常有兩種以上的方法消毒空氣，循環一段時間。此外，為了防止微塵、水分積累引起的零件腐蝕，防止新的污染造成的損害，要定期清理系統。
合理設計潔凈室壓力分布及通風次數。清潔的空氣可以使潔凈室的各種參數保持正常。特別是在實施湍流時，稀釋作用和單相流動的更換變得活躍，因此要合理設計潔凈室的通風。通風要少，通風要少。太低不能保證干凈的空氣量，太多會增加制藥廠車間的凈化費用。
2、重視對考慮因素的控制
(1)創建健康文件
制藥工廠的職員都要有健康證明，還要定期接受健康檢查，不合格的人要立即調離。通過建立健康檔案，動態管理員工的身體狀況，同時起到了保護藥品質量的作用。
(2)養成良好的個人衛生習慣
做任何事都要建立良好的個人習慣，制藥車間凈化工作對這方面的要求更高。洗手，洗澡，保持清潔，拋棄不良嗜好。進入潔凈室前，要進行清潔處理，更換防靜電工作服，遮住對方、鼻子、毛發，防止對藥品的污染。
(3)合理的人數控制
凈化車間的室內人數要控制在適當的數目之內。雖然操作員在進入凈化車間之前進行了清潔工作，但往凈化車間帶入一些污染物是不可避免的，工作中根據工作需要的移動和操作會帶來部分灰塵。 凈化車間內人力數量過多的弊端很容易超出潔凈室自身的清潔能力，因此潔凈度下降。因此，合理的控制人員非常必要。
3、建立潔凈室工作程序
建立適合潔凈室的工作程序對保持潔凈室的清潔度至關重要。制藥廠車間凈化工作應按照程序要求對員工進行培訓。為了保障潔凈室的正常工作秩序，有效保障潔凈室的清潔度，嚴禁某些違規行為。
4、加強生產材料污染控制
首先，材料進入潔凈室前要做好清潔凈化工作，必要時送到滅菌室進行消毒。在滅菌后的輸送過程中，還要注意物質的二次污染。第二，物料的輸送通道必須與人的進入通道分開，物料輸送通道的清潔也必須得到保證。生產工作區是不能用于材料傳送的通道，生產場所要盡量少開，充分保證工作室的密封性和清潔度。制藥工廠凈化工作的污染控制要持續進行，貫穿設計、建設、安裝、運行和維護的各個崗位。過去，制藥廠凈化車間忽視系統、人力等作用，重視硬件投資的情況很多。保證潔凈室的清潔度，更重要的是實施預防措施。