由于凈化空調系統的特點和普通空調系統不同，因此空氣處理過程和空氣處理的參數也不同，在選擇空調箱時，必須滿足凈化空調系統的要求。
空調箱必須具備初、中效二級過濾的功能。初、中效過濾器要根據凈化空調系統對潔凈度的要求和工程所在地室外環境的大氣含塵濃度來選擇過濾效率（過濾級別）。還要考慮初、中效過濾器的阻力和容塵量。初、中效過濾的阻力分初阻力和終阻力，選擇空調箱的風機時應按它的終阻力來計算容塵量，也就是初、中效過濾器的使用壽命。初、中效過濾器還分可清洗的和不可清洗的兩種選擇時應根據工程的具體情況和業主的要求來選擇。
因為多級過濾器的阻力很大，表冷器的排數多，阻力也增大，所以凈化空調系統的空調箱所選用的風機風壓要比普通空調系統高許多，空調箱的壁板承受的壓力也就大多了。凈化空調系統對漏風量的控制也應比普通空調系統更嚴格，因為系統的漏風不僅影響室內的溫濕度或造成能源浪費，還會影響潔凈室的潔凈度，因此對凈化空調系統的空調箱結構要求更高，無論是板式還是框架式結構都要求變形量最小。
由于工藝需要，凈化空調系統往往是室內的溫、濕度基數比普通空調要低，因此送風狀態點的溫度也相應比較低。為了讓空調箱箱壁不結露，對空調箱箱壁保溫材料的厚度和傳熱系數的要求更高，空調箱連接點的冷橋處理要求更高，必要時要做結露校核計算。
潔凈空調設計規范規定潔凈室內的噪聲不高于60dB。凈化空調系統的風量比普通空調系統的風量要大，風系統的阻力也大，選用的送風機風量大，風壓也大，風機轉速也要高，所以產生的噪聲也就大。為了滿足規范的要求，往往還要在空調箱內設置消聲器。為了避免消聲器的吸聲材料成為發塵源，一般在凈化空調系統的空調箱內都選用微穿孔板消聲器。微穿孔板消聲器的消聲量要根據消聲器的長度計算。
凈化空調系統的空調箱加濕器的選擇在前面已經陳述過了，但要考慮空調箱加濕段內是否要加擋水板，以免有水滴進入風機段和中效過濾器段。